گروههای فعال پژوهشكده به شرح زير می باشد:
1 - گروه فقه و مبانی حقوق اسلامی به مديريت سركار خانم دكتر زهره خانی
2 - گروه عرفان اسلامی به مديريت سركار خانم دكتر فاطمه طباطبایی
3 - گروه انديشه سياسی در اسلام به مديريت سركار خانم دكتر گیتی پورزکی
4 - گروه جامعه شناسی انقلاب اسلامی به مديريت جناب آقای دكتر امیر عظیمی دولت آبادی
5 - گروه تاريخ انقلاب اسلامی به مدیریت جناب آقای دكتر مهدی انصاری
تاسيس گروههای ديگری نيز، در برنامههای آتی پژوهشكده پيشبينی و گنجانده شده است كه هم اكنون مراحل اداری خود را طی میكنند.