شوراي پژوهشکده عاليترين مرجع سياستگذاري و نظارت بر فعاليتهاي علمي و پژوهشي پژوهشكده است كه انتخاب اعضاي آن به عهده هيات امنا مي‌باشد.
اعضاي شوراي پژوهشکده عبارتند از:
1- مسئول پژوهشکده
2- معاون پژوهش
3- معاون آموزش
4- مديران گروهها(عضو هيات علمي)
5- سه تا هفت نفر به انتخاب رئيس هيات امنا(به پيشنهاد مسئول پژوهشکده و تاييد رئيس هيات امنا)